У меня в кали стоит lxde, как на малинке, таки нашел очень простой способ делать ярлык на десктопе, аналогично как это люди делают на дебиане, ибо lxde не рожден делать ярлыки.

Идем на рабочий стол. Нажимаем правую клавишу, далее -> «Создать»-> «Пустой файл». Даём ему имя и сохраняем. После создания, становимся на полученный ярлык на рабочем столе , опять же, жмём на правую клавишу. Ищем «Свойства»-> «Права доступа» , ставим метку «Сделать исполняемым». Теперь, в любом удобном редакторе, в Debian 6 это Leafpad, открываем созданный пустой файл и вписываем туда следующее:
 [Desktop Entry]
 Type=Application
 Icon=путь к иконе , графическому ярлыку
 Name[ru]=Имя программы (пакета) . Можно и на русском
 Exec= полный путь к запускаемому файлу
 StartupNotify=true